En l’actual territori del municipi s’han trobat registres ibèrics en alguns pujols de la vall de l’actual riu Ter i també es té constància que els romans treien profit de les plantes vora del riu Ter. Més recentment, cap a l’any 884 amb l’expansió del cristianisme, el monestir de Sant Gregori van fundar algunes ermites, com la de Sant Julià del Llor.
La primera documentació esmenta que el veïnat de Cabanyes (nom medieval que rebia la colònia juntament amb la nova zona urbana) i el molí de Llor pertanyen a la parròquia de Constantins.
El 1339 Guillem de Bonmatí adquireix uns grans terrenys situats al costat del riu Ter que van des de la roca d’Anglasell de Sant Julià fins al torrent de Bàsquera. Els béns que ha heretat Vicenç Bonmatí s’engrandeixen quan adquireix el mas Adroer. El 1426 Pere Bonmatí compra el molí del Llor. Però part d’aquest patrimoni queda malmès per uns terratrèmols el 1427.
El veïnat de Cabanyes, entre els segles XIII i XVI queda estancat per culpa de la remença que imposava el senyor feudal. Però a finals del segle XVII molts masos tiren endavant, gràcies a la fi del vassallatge de l’abat del monestir d’Amer.
El 1734 comença les explotacions de plom a Sant Julià, el ferro era escàs, ja que temps abans ja n’hauria extret per a ser utilitzat per a tallers on s’arreglaven i es feien eines de ferro (fargues). També es va començar a extreure a Anglès i a Osor. Més tard la barita va ser aprofitada.
A mitjans del segle XVIII els aiguats deixen malmès el pont vell de Sant Julià i és substituït per passeres i barques de llibant.
Joan Bonmatí, (1853) amplia el rec d’Anglasell fins a convertir-lo en un canal que li permetrà portar l’aigua fins al molí nou del Llor i a la Fundaria, on Domingo Naspleda fon el plom, que extreia de la muntanya del Llor. El 1878 D. Manel Bonmatí demana el desviament del Ter i l’ampliació del canal del molí del Llor, que així permetrà el funcionament motriu de la maquinària industrial de la colònia. El 1896 es construeix la resclosa i el canal, juntament amb la colònia industrial.
La indústria cotonera “Joaquim Estrany i Fills” s’instal·la el 1898 a la colònia Bonmatí i dona feina a unes 400 persones. Al cap de tres anys la segona nau s’arrenda a H. Vicente Casacuberta que també es dedicarà a la producció de cotó. Però a partir del 1912, l’empresa Casacuberta passa a controlar les dues naus tèxtils.
El 1903, a la tercera nau. Salvador Torras Domènech fabricava paper i donava feina a un centenar de persones. Els obrers disposaven de dues cooperatives de consum: La Econòmica i La Bonmatinense (1906-2002). Més tard, el 1910, van poder disposar de dos locals per atendre les baixes laborals i les malalties: San Joaquín i Immaculada Concepción. Al mateix any, Manel Bonmatí modernitza la zona industrial, amb la instal·lació al costat del molí del Llor, amb una central hidroelèctrica. L’electricitat se subministrava a les fàbriques, a les mines de Sant Julià i els habitatges de la colònia.
La Compañía Minera Pirenaica, no obté bons jaciments, els nous filons no els són rendibles. Malgrat tot, el 1914 revifa gràcies a les troballes de galena de la mina de La Carlota. Però aquesta esperança no va durar gaire, quan el el 1921, una esllavissada provoca filtracions i inunda una galeria, provocant set morts i el tancament de la mina.
La crisi del sector miner queda equilibrada amb els Padrosa. S’instal·len en un local prop de la central hidroelèctrica, per fabricar embalatges de caixes, botes i barrils de fusta.
Durant la guerra civil, les naus industrials són convertides en fàbriques de producció militar. Durant la retirada dels republicans (1939), Líster dinamita el pont de la colònia. L’empresa Fábricas L. Matas y Pons S.A. compra les naus de la colònia M. Bonmatí i torna les naus a reprendre la producció tèxtil.
El 1940 es reconstrueix el pont, una riuada inunda dos metres les naus de la colònia. El 1945 la paperera Torras es trasllada a Flaçà i la indústria Casacoberta acaba el contracte d’arrendament. Però l’empresari tèxtil Armengol, reprèn l’activitat a les naus i també la paperera l’utilitza com a nau tèxtil.
Els pous de plom i barita del Serra Blanc i Carmen, són explotats per Metálicas Sacosta. Més tard l’empresa Minerales, Baritas y Productos Industriales s’especialitza en rentar gravimètric d’òxids i escòries procedents del mercat nacional. Més endavant és Oxivolt SL qui es dedica a reciclar el plom de les bateries.
La família Bonmatí és propietària de les naus industrials i dels habitatges, fins al 1951, quan l’empresari Mata i Pons compra tota la colònia i els habitatges dels obrers.
Els obrers senten que l’amo és prepotent. Hi ha reaccions obreres, per l’estat pèssim dels habitatges de la colònia, i el 1967 es crea el Patronat de l’Habitatge, per construir nous habitatges a la urbanització Bondia, per acabar amb aquest problema.
Amb aquesta primera fase amb èxit i la forta demanda, es van construir més habitatges i el 1972 el sector Massana s’hi implanten alguns serveis com: església parroquial, camp de futbol i escola. Casademont i el polígon industrial de Bonmatí van compensar a partir del 1980 la crisi industrial dels setanta.
Els habitants de Sant Julià del Llor i Bonmatí descontents amb l’administració del municipi i amb la voluntat d’autogovern. El 22 de febrer del 1983 la Generalitat de Catalunya autoritza la constitució del municipi independent. Fins al 1989, una carretera comunica Sant Julià amb Bonmatí, es prepara la urbanització Massana, amb aigua potable, clavegueram, s’amplia l’escola, etc.
El 1981 la multinacional Levi Strauss instal·la un centre de producció a Bonmatí, cosa que dona un gran impuls econòmic al poble i els seus habitants. El 2004 l’empresa tanca la fàbrica. El tancament coincideix amb la creació de noves urbanitzacions (PP2 i, posteriorment, l’actual carrer Sant Grau) que contribueixen a augmentar la població resident.
Paral·lelament, es creen noves infraestructures públiques, com ara la zona esportiva i el Centre Cívic de Bonmatí, i la pista esportiva de Sant Julià.